Algo está a punto de cambiar para siempre en la tienda del Sr. Magorium. El Sr. Magorium (Dustin Hoffman), fundador y propietario de esta mágica tienda de juguetes, abandonará este mundo en breve por lo que debe dejar listo cuanto antes su legado: el traspaso de la tienda a Molly Mahoney (Natalie Portman), una alegre e imaginativa joven que desde su adolescencia ha sido su fiel encargada. Para ello contrata a Henry (Jason Bateman), un contable serio y responsable de la misma edad que Mahoney. Los problemas empezarán cuando la tienda, que tiene vida propia, se rebele contra la nueva situación al darse cuenta de que Mahoney no confía en su propia capacidad para crear mágia. Tras la muerte del señor Magorium, y con la tienda a punto de desaparecer para siempre vencida por el enfado y la pena, Mahoney deberá encontrar una vía para devolverle la vitalidad a la juguetería mágica, un camino que pasa por la recuperación de la confianza en sí misma. Para ello contará con dos aliados fundamentales: Eric (Zach Mills), un niño prodigio de nueve años y Henry, el contable, que será de más ayuda de la que Mahoney nunca pudo imaginar.